아마쿠사는 키미시마와 시모시마라는 두 개의 큰 섬과 수많은 작은 섬들로 이루어진 섬 군락이다. 녹색지대와 자연적인 지질학적 형성물들로 가득 차 있고, 공식 지질공원으로 인증을 받았다. 또한, 아마쿠사는 주민들이 테라스에서 농작물을 재배하는 구릉지대다.
아마쿠사의 주요 섬들과 구마모토 본토는 서로 다리로 연결되어 있고 페리는 작은 섬들로 이동을 가능하게 하는 주요 교통 수단이다. 야생 돌고래들도 섬 주변에서 살고 있는데 가끔씩 보트 투어에서 만나볼 수 있다.
섬 군락은 기독교의 오랜 역사를 지니고 있는데, 이건 이 지역에 뿔뿔이 흩어져 있는 다양한 교회와 박물관을 통해 확인해 볼 수 있다. 이 박물관에서는 에도 시대 당시 박해받은 기독교의 실상을 보여주며 불교 유물 속에 숨겨져 있는 기독교 유물까지 볼 수 있을 것이다. 종교사에 관심이 많은 방문객들에게 안성맞춤이다.
